En 1522, Carlos V nombró a Cortés gobernador y capitán general de la Nueva España. De inmediato, sus soldados se dieron a la tarea de construir sobre las ruinas la nueva Ciudad de México. De esta nueva encomienda  se encargó Alonso García Bravo, quien siguió los modelos urbanísticos españoles del siglo XVI. El trazo se compuso de un cuadrángulo (con un área de 2.5 km2), cruzado de calles rectas y rodeado por acequias.

Por otra parte, para que Cortés tomara posesión del Marquesado del Valle —otorgado por la Corona española en 1529, y en reconocimiento a los servicios prestados durante la Conquista—, hubo mucha resistencia por parte de los miembros de la Segunda Audiencia de México, quienes tenían encomiendas y granjerías en Coyoacán y Tacubaya. Alegaban que estas tierras, por su cercanía con la Ciudad de México, no debían formar parte de las propiedades del conquistador. Así pues, hicieron llegar su propuesta al Consejo de Indias, pero éste falló a favor de Cortés. El señorío de Coyoacán quedó en forma permanente ligado al Marquesado del Valle hasta su desaparición.

En el siglo XVIII, el territorio de lo que hoy es la Alcaldía Benito Juárez abarcaba los pueblos de Santo Domingo, Mixcoac, La Piedad, Santa Cruz Atoyac, Actipan, San Juan Maninaltongo, Santa María Nonoalco y Xoco; los barrios de La Candelaria, Santo Tomás Tecoyotitla y Atepuxco; los ranchos de San José y Santa Cruz, así como las haciendas de Los Portales, San Borja y la de Nalvarte (Narvarte), y los ejidos de San Simón, Santa Cruz, de la Piedad y el de San Andrés de las Ladrilleras.

Por otro lado, desde finales de la época colonial, los obrajes de telas no funcionaban; en cambio, en nuestra Alcaldía, la industria ladrillera había aumentado enormemente. Esto se debió a la creciente demanda de ladrillos por parte de la Ciudad de México y a la cercanía de nuestra Alcaldía al mercado capitalino.Así, en 1855, funcionaban 10 ladrilleras en esta zona. Ello significó que muchos vecinos en se convirtieran en obreros, principalmente, los que perdieron sus ejidos. A la vez, esparcidas en el antiguo pueblo de Mixcoac y sus pueblos y barrios circundantes, funcionaron numerosas ladrilleras como la de Xoco, San Andrés, La Piedad y la que funcionaba en lo que hoy es el Parque Hundido. Sin duda, las industrias de tipo artesanal más importantes de la Alcaldía, fueron la ladrillera y la de textiles.

Las formas de propiedad introducidas por los conquistadores afectaron a la propiedad comunal. Aunque el calpulli indígena fue mantenido por la Corona española, en la práctica cotidiana los indios se vieron perjudicados por las invasiones de tierras, debido a la codicia de los nuevos pobladores y a la deficiente delimitación de las tierras comunales. Así surgieron numerosos pleitos de tierras entre los comuneros y los rancheros de esta zona.


Cortés tenía Señorío jurisdiccional en las tierras del marquesado. Él era quien nombraba a las autoridades civiles dentro de sus dominios, por ello los pueblos, haciendas, tierras comunales y ranchos que conformaban lo que era nuestra Alcaldía, estuvieron sujetos al Corregimiento de Coyoacán, de quien dependían desde el punto de vista administrativo y judicial, hasta la disolución del Marquesado del Valle decretado por el rey de España en 1810.

Ello trajo como consecuencia que, durante los casi tres siglos de vida del Marquesado, nuestra actual Alcaldía no tuviera vida autónoma ni dependiera de la Ciudad de México, como sucedió después.


En cuanto al trazado de la ciudad, dentro del cuadrángulo construido por García Bravo, sólo se permitió habitar a los españoles. Fuera de él, lo harían los indígenas ubicados en cuatro barrios, cuyos caseríos conformarían los callejones y callecillas típicas de la periferia colonial. La fisonomía de la Ciudad de México, hasta bien entrado el siglo XIX, estuvo determinada por ese diseño, del cual hasta hoy quedan vestigios.

Durante buena parte del siglo XIX la actual área de la Alcaldía quedó incorporada a Tacubaya; Mixcoac era la cabecera municipal. En el renglón judicial pertenecía al juzgado de San Ángel, y desde el punto de vista económico, dependía de la Ciudad de México; sus excedentes de cereales, frutas, flores y pulque se vendían aquí; los textiles, principalmente destinados al mercado capitalino, también eran llevados al extranjero.

Por otra parte, en el transcurso de tres siglos de colonizaje, la inconformidad entre los criollos de la clase media por la discriminación política, económica y social a que los tenía sometidos el gobierno virreinal creció en forma considerable. Y se consumó la independencia de México en 1821. Las tierras comunales subsistieron, conservándose sólo algunas cuyos títulos de propiedad fueron revalidados y legalizados por algún gobierno.
Otros terrenos importantes fueron los potreros, que se asignaban para el pastoreo de ganado. Éstos eran indispensables para alimentar a los animales que en ese entonces prestaban su fuerza para el transporte.

En el siglo XIX el país se sumió en el caos y la anarquía, producto de las guerras internas entre conservadores y liberales. Y el bandolerismo, el mal social heredado de esos escenarios militares, sentó sus bases en el área de la Alcaldía; de este fenómeno dejó constancia la excelente novela de Manuel Payno, Los bandidos de Río Frío.


Tres años después, en la Constitución de 1824, se crea al Distrito Federal como capital y sede de los poderes republicanos y se establece su asiento en la Ciudad de México, dándole una extensión de 8.8 kilómetros.


Nuestra Alcaldía quedó al límite del territorio comprendido en el Distrito Federal, que se hallaba dividido en cuatro prefecturas, una de las cuales era Tacubaya, con cinco municipalidades: Tacubaya, Tacuba, Santa Fe, Cuajimalpa y Mixcoac.


Según una ley del 18 de abril de 1826, Coyoacán, Tlalpan, Xochimilco y Mexicaltzingo pasaron a pertenecer al Estado de México. Con ello se fraccionó por primera vez el Corregimiento de Coyoacán. Entre las vastas regiones concedidas al conquistador se incluyó al señorío de Coyoacán, dentro del cual estaba ubicada nuestra actual Alcaldía y los pueblos de Tacubaya, Coyoacán, San Ángel y San Agustín de las Cuevas (hoy Tlalpan).


Posteriormente, en 1847, la actual área de la Alcaldía fue el escenario de la lucha de las tropas mexicanas contra las fuerzas invasoras de Estados Unidos, que entraron a la ciudad por Padierna, venciendo a las filas aztecas para llegar a Churubusco. De ahí penetraron a la demarcación y, en la Ermita de San Antón —que se encontraba sobre la calzada de Tlalpan—, las baterías estadounidenses abrieron fuego contra la garita de Niño Perdido, el 12 de septiembre de 1847. Las tropas invasoras se apoderaron de la Hacienda de los Portales, de donde dispararon para distraer la atención del ejército mexicano y poder atacar Chapultepec al día siguiente. El 13 de septiembre, los soldados estadounidenses tomaron Chapultepec y entraron a la Ciudad de México un día después.


Un suceso más en el que el actual territorio de la Alcaldía participaría fue la llamada Guerra de los Tres Años (1858-1861).

La hoy Alcaldía Benito Juárez tuvo una participación importante en el bando liberal tanto en Mixcoac, como en la colonia San Pedro de los Pinos. Los vecinos ayudaron a las tropas liberales, al mando del general Santos Degollado, a que tomaran la plaza de Tacubaya.


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